El miércoles 15 de noviembre del 2017 a las 7.19, los 44 tripulantes del submarino “San Juan” estaban “fatigados”después de haber soportado una tormenta con olas de hasta 6 metros en la superficie y su comandante ordenó bajar a 40 metros de profundidad, yendo mar adentro, para intentar reparar una parte de las baterías y descansar. En el último mensaje cifrado del San Juan, enviado por el teniente de navío Fernando Villarreal, a la Central de Comunicaciones de Submarinos también se reportó que a esa hora “estaban a plano de periscopio”, es decir con ese mástil sobre la superficie del mar y “propulsado con circuito dividido” porque habían desconectado las baterías de la proa de la nave por “cortocircuito y principio de incendio”. En ese mensaje, se reportó que iban rumbo a Mar del Plata y a 5 nudos de velocidad. El comandante del San Juan, capitán de fragata Pedro Fernández,informaba además que “tenía intenciones de descansar porque el temporal los había castigado durante la navegación en superficie de la noche anterior” y que “luego irían a plano 40 para entrar al tanque de baterías n° 3 y evaluar daños”. En diciembre, América 24 reveló un resumen de este mensaje que ahora se conoce íntegro y está en el descargo del capitán de navío y ex jefe de la fuerza de submarinos, Claudio Villamide, al que accedió Clarín en exclusiva en fuentes judiciales.